Alles beginnt mit einer Wanderung in einem Nadelwald neben einem See. Während man durch den Wald schreitet beschreibt eine Tonbandaufnahme sonderbare Lichterscheinungen und spricht mit fremden Menschen. Kurz darauf sieht man ebenfalls ein merkwürdiges Licht und ein sonderbares, leuchtendes Objekt, das direkt auf einen zukommt. Plötzlich verschwimmt alles und man erwacht an einem eigenatigen Ort auf einem anderen Planet namens Soria.

So startet Obduction, ein Rätselspiel im Stil von frühen Genreklassikern wie Myst und Riven. Grob umrissen dreht sich die Spielgeschichte um sonderbare Bäume, die nicht nur Objekte und Menschen von der Erde, sondern auch von drei weiteren außerirdischen Planeten nach Soria teleportiert haben. Doch bei der Ankunft der Spielenden scheint die Welt beinahe völlig ausgestorben zu sein. Es gilt herauszufinden was passiert ist, warum man überhaupt teleportiert wurde und natürlich wie man wieder heimkehren kann. Hierzu müssen Spielende die Umwelt nach Hinweisen durchsuchen und sich Zugang zu weiteren Arealen verschaffen. Eine einzelne, in einem Bunker verschanzte Person gibt anfangs spärliche Informationen und erste Aufgaben. Generell bietet das Spiel fast keine Hilfestellungen zum Lösen der Rätsel. Diese bestehen meist darin, diverse Schalter und Hebel richtig umzulegen oder korrekte Codes in diverse Maschinen und Computer einzugeben. Hinweise finden sich lediglich subtil versteckt in diversen Manuskripten und aufgenommenen Audio- und Videobotschaften sowie der Umwelt selbst. Es ist Aufgabe der Spielenden, über die verstreuten Informationen sich selbst die Geschichte und Geschehnisse rund um Soria zusammenzustückeln und die Rätsel zu lösen.