Im Point&Click- Adventure „Samorost 3“ begleiten die Spielenden einen kleinen weißen Gnom – bekannt aus den ersten beiden Samorost-Teilen – auf seiner Reise durch den Kosmos. Diese beginnt, als er auf seinem Heimatplaneten eine magische Zauberflöte findet und sich auf die Suche nach dem Ursprung dieser Flöte macht.
Auf dem Abenteuer bereisen Spielende neun unterschiedliche Welten mit märchenhaften Landschaften und skurrilen Kreaturen. Um weiterzukommen, gilt es, die Welten zu erkunden und mit den Bewohner/-innen und der Umwelt zu interagieren. Die Zauberflöte nimmt hier einen besonderen Stellenwert ein, da manche Aktion nur mit deren Hilfe ausgeführt werden können. Die für das Genre üblichen Rätselaufgaben sind unterschiedlich gestaltet, folgen aber grundsätzlich immer dem gleichen Muster: verschiedene Interaktionspunkte oder Gegenstände müssen in der richtigen Reihenfolge aktiviert und miteinander verwendet werden. Zwischendurch sind auch Minispiele zu lösen.
„Samorost 3“ kommt gänzlich ohne gesprochene Dialoge oder schriftliche Anweisungen aus und setzt stattdessen auf Symbolik, Körpersprache, akustische Elemente und Piktogramme. Als Hilfestellung zu den Rätselaufgaben bietet das Spiel auch ein integriertes Lösungsbuch an, das mit einem einfachen Puzzlemechanismus entsperrt werden kann. Auch im Lösungsbuch findet sich kein geschriebener Text. Die notwendigen Schritte und Aktionen werden in Form von Zeichnungen erklärt.